Zapowiedź wprowadzenia przez rząd Centralnego Rejestru Faktur budzi wśród przedsiębiorców spore obawy. Ministerstwo nie zamierza jednak gromadzić wszystkich wystawionych faktur, gdyż takie rozwiązanie zbyt mocno ingerowałoby w prowadzenie działalności gospodarczej przez przedsiębiorców.
Rejestr faktur ma stanowić bazę, tworzoną na podstawie JPK_VAT. Podatnik, który wyśle jednolity plik kontrolny automatycznie wyśle informacje odnośnie wszystkich swoich faktur, a więc tych które wystawił oraz otrzymał. Baza w ten sposób utworzona ma stanowić informacje o wszystkich fakturach.
Wszelkie rozbieżności w plikach JPK aktualnie trafiają tylko do organów podatkowych. W takiej sytuacji podatnik musi liczyć się z kontrolą podatkową w swoim przedsiebiorstwie. Błędnie sporządzone JPK niestety może wiązać się z przykrymi dla przedsiębiorcy skutkami. Na szczęście Ministerstwo Finansów przewidziało możliwość samodzielnego korygowania błędów, które pozwala w pełni uniknąć przykrych konsekwencji np. odsetek.