Refakturowanie jest przyczyną wielu zamieszań od początku istnienia podatku VAT. Stanowi ono przeniesienie kosztów na podmiot, który w rzeczywistości korzysta z usług. Mamy z tym do czynienia przede wszystkim wtedy, gdy podatnik działa we własnym imieniu na rzecz osoby trzeciej. Kosztami wykonania usług obciążony zostaje podmiot, który ostatecznie z danej usługi skorzysta, czyli osoba trzecia.
W terminie refakturowania problematyczne staje się ustalenie kiedy w rzeczywistości powstaje obowiązek podatkowy, gdyż nie ma przepisów, w których sprawa ta została jednoznacznie przedstawiona.
Refakturując koszty usługi, pośrednik nie może nałożyć na nie dodatkowej marży. Na fakturze muszą się znajdować kwoty, jakie zostały umieszczone na rachunku pierwotnym.
W większości przypadków za datę powstania obowiązku podatku, uznaje się datę zakończenia usługi.
Ważne jest, że przy refakturowaniu odsprzedający usługę musi zastosować tą samą stawkę VAT, z jaką otrzymał daną usługę. Ustawa o VAT pozwala jednak niektórym podmiotom skorzystanie ze zwolnień podatkowych.